Trujillo được Trung tâm Tiểu hành tinh công nhận là đã phát hiện được hơn 50 tiểu hành tinh đã được đánh số từ năm 1996 đến năm 2007 bao gồm nhiều vật thể ngoài Sao Hải Vương (TNO) và các vật thể nằm trong vành đai Kuiper (xem bảng).[5] Một vật thể TNO, Eris, được ông, nhóm của ông, NASA, và nhiều người khác xem là hành tinh thứ 10,[4] nhưng Hiệp hội Thiên văn Quốc tế (IAU) chỉ định nó là một hành tinh lùn và có vị thế plutoid.

Các plutoid đã biết là:

• Quaoar, đồng khám phá với Brown
• Sedna, đồng khám phá với Brown và Rabinowitz, có thể là vật thể bên trong đám mây Oort đầu tiên được biết đến
• Orcus, đồng khám phá với Brown và Rabinowitz
• Eris, đồng khám phá vơiq Brown và Rabinowitz – vật thể TNO duy nhất được biết đến lớn hơn Sao Diêm Vương[3]
• Haumea, khám phá được ghi nhận tại Đài quan sát Sierra Nevada, Tây Ban Nha (xem thêm José Luis Ortiz Moreno).[6]
• Makemake, đồng khám phá với Brown và Rabinowitz năm 2005, một trong 5 hành tinh lùn chính thức đầu tiên.[7]